多参数水质分析仪的应用十分广泛，在各类地表水站、浮标站都有应用，同时由于其便 携性，在各个水质实验室及应急监测中心也都有很广泛的应用。
       多参数水质分析仪除了地表水以外，自来水厂的水源监测中也有应用，可使用多参数水 质分析仪测量源水中的叶绿素含量，防止出现水华现象。
       除了大型水质自动监测点外，为了满足在线监测水质的需要，多参数水质分析仪还可以配合数据采集仪、通讯模块、太阳能供电模块等，形成小型自动监测站和浮标站。小型自动 监测站具有成本低、可靠性高、免维护、无二次污染等特点。在清华大学荷塘中心的荒岛上 建立的小型水文水质一体化自动监测示范站可监测包括水位、流量、水温、溶解氧（溶解氧仪）、pH值、电导率（电导率仪）、盐度、浊度、叶绿素、蓝绿藻、氨氮（氨氮自动在线监测仪）、硝酸盐氮、氯离子等多种参数。所监测的各类指标可通过有线或无线传输方式传送到监控中心，也可在监测现场实时读取数据。