离子交换运行操作应注意的问题：①悬浮物和油类;②含盐量过高的影响;③高价离子影响;④氧化剂的影响;⑤高分子有机物的影响;⑥pH值的影响;⑦温度的影响。
①当废水中存在悬浮物质与油类物质时，会堵塞树脂孔隙，降低树脂交换能力，因此这些物质含量较多时应进行预处理，预处理的方法有沉淀、过滤、吸附等。
②当废水中溶解盐含量过高时，将会大大缩短树脂工作周期。当溶解盐含量大于1000~2000mg/L 时，不宜采用离子交换法处理。
③高价离子的影响
      废水中Fe^{3 +}、AI³⁺、Cr³⁺等高价金属离子可能导致树脂中毒。从前述树脂的选择性可看出，高价金属离子易为树脂吸附，再生时难于把它洗脱下来，结果会降低树脂的交换能力。恢复树脂的交换能力需要用高浓度酸液长时间浸泡。为了减小树树脂中毒，可对废水进行处理，以 以便去除这些高价的金属离子。
④氧化剂的影响 如果废水中含有较多氧化剂(如C1₂、O₂ , H₂Cr₂O₇等)，会使树脂氧化分解。在对这类废水进行离子交换处理时，可添加适量的还原剂或选用特殊结构的树脂(如交联度较大的树脂)。
⑤高分子有机物的影响
      废水中某些高分子有机物与树脂活性基团的固定离子结合力很强，一旦结合就很难再生，结果降低树脂的再生率和交换能力。例如高分子有机酸与强碱性季胺基团的结合力就很大，难于洗脱。为了减少树脂的有机污染，可选用低交联度的树脂或者废水注进行交换处理前的预处理。
⑥pH值的影响
      强酸和强碱离子交换树脂的活性基团的电离能力很强，交换能力基本上与pH无关。但弱酸树脂在低pH时不电离或部分电离，因此在碱性条件下，才能得到较大的交换能力。弱碱性树脂在酸性溶液中才能得到较大的交换能力。鳌合树脂对金属的结合与pH有很大关系，对每种金属都有适宜的pH。另外，pH（PH仪表）还能影响某些离子在废水中的存在状态(或形成络合离子或胶体)。例如含铬废水当pH很高时，六价铬主要以铬酸根(Cr0₄^2-)形态存在，而在pH低的条件下，则以重铬酸根(Cr₂0₇^2-)形态存在。因此，用阴树脂去除六价铬时，在酸性废水中比在碱性废水中的去除效率高，因为同样交换一个二价络合阴离子， Cr₂0₇^2-比Cr0₄^2-多一个铬离子。因此在进行离子交换处理前，应该将废水的pH调节到条件·
⑦温度的影响
      水的温度较高，可提高离子扩散速度，加速离子交换反应速度，但温度过高，就可能引起树脂的分解，从而降低或破坏树脂的交换能力。水温不得超过树脂耐热性能的要求。各种类型树脂的耐热性能或极限允许温度是不同的，可查阅有关资料或产品说明书。若水温度过高，应在进入交换树脂柱之前采取降温措施，或者选用耐高温的树脂。